Promjene u proteinskoj strukturi prouzročene transglutaminazom značajno utječu ne samo na kvalitetu tijesta, već i finalnih proizvoda. Transglutaminaza umanjuje ljeplivost tijesta i poboljšava sačuvanje plina u tijestu, uslijed čega dolazi do povećanja obima pekarskih proizvoda. Pored toga, transglutaminaza pomaže poboljšanje svojstava nekvalitetnog brašna na taj način što povećava njegovu vezivost, čime poboljšava kvalitetu pekarskih proizvoda i produžava njihovu svježinu. I u proizvodnji smrznutih poluproizvoda primjena transglutaminaze u tijesto znatno utječe na kvalitetu pečenih proizvoda koji ne samo što imaju veći obim, već i visinu, kao i manje ispucalu koricu. Transglutaminaza djeluje u prilično širokom pH-rasponu, do njenog aktiviranja dolazi tijekom pečenja.