Zmeny v proteínovej štruktúre spôsobené transglutaminázou významne vplývajú nielen na kvalitu cesta, ale aj finálnych výrobkov. Transglutamináza znižuje lepivosť cesta a zlepšuje zadržiavanie plynu v ceste, čo má za následok zväčšenie objemu pekárskych výrobkov. Okrem toho pomáha vylepšiť vlastnosti nekvalitnej múky tým, že zvyšuje jej väznosť, čím zlepšuje j kvalitu pekárskych výrobkov a predlžuje ich čerstvosť. Aj pri výrobe mrazených polotovarov aplikácia transglutaminázy do cesta má výrazný vplyv na kvalitu upečených výrobkov, ktoré majú nielen väščí objem ale aj vyššiu, menej popraskanú kôrku. Transglutamináza pôsobí pomerne v širokom rozsahu pH, k jej inaktivácii dochádza počas pečenia.